1974 beginnt die Partnerschaft mit dem Epilepsiezentrum Kork. Bereits Anfang der 1970er Jahre regen die diakonischen Werke der Bundesrepublik Deutschland und der DDR die grenzüberschreitende Zusammenarbeit christlicher Einrichtungen an. Dieser Impuls wird von dem westdeutschen Epilepsiezentrum Kork und der ostdeutschen Einrichtung Kleinwachau aufgegriffen. Das Engagement geht dabei von Pfarrer Martin Geiger aus, zu diesem Zeitpunkt Direktor der Diakonie Kork. Der damalige Chefarzt der Epilepsieklinik für Erwachsene in Kork, Dr. Volker Blankenhorn, erinnert sich:
„Der Hintergrund und das Fundament dieser Zusammenarbeit basierte einerseits auf dem gemeinsamen christlich-diakonischen Leitbild und andererseits auf der gleichen Zielsetzung in der Betreuung epilepsiekranker Menschen. Wichtig waren uns das christlich-diakonische Fundament, die gemeinsame Aufgabe und der Erfahrungsaustausch, ebenso wie die materielle und ideelle Unterstützung für die Bewohner und Mitarbeiter Kleinwachaus.“
Dr. Volker Blankenhorn
Die Partnerschaft zwischen den beiden durch eine innerdeutsche Grenze getrennten Einrichtungen entwickelt sich gut. Die Reiseeinschränkungen der DDR-Regierung machen das Projekt zu keinem leichten Unterfangen. Dennoch erfolgt der Austausch auf allen Ebenen. Hierzu zählen vor allem der Austausch von Erfahrungen und Konzeptionen. Vertreter beider Einrichtungen treffen sich auch persönlich, bis zur Wende vorwiegend innerhalb der DDR. Der zentrale Schwerpunkt liegt dabei auf dem Verbindenden: Epilepsie. Im Mittelpunkt dieser Treffen stehen die Behindertenarbeit und die kirchliche Arbeit.
Mitte der 1980er Jahre wird in Kleinwachau der Aufbau einer Klinik für epilepsiekranke Menschen forciert. Vertreter des Epilepsiezentrums Kork unterstützen die Konzeption der neuen Klinik.
Aus der Zusammenarbeit beider Einrichtungen gehen neue Impulse in Bezug auf Strukturen und Funktionen hervor. Diese werden auch praktisch umgesetzt. Durch die Abgrenzungspolitik staatlicher Stellen in der DDR wurde die grenzüberschreitende, kirchlich geprägte Zusammenarbeit stark behindert (Gründung Fachkrankenhaus verweigert, Grenzkontrollen, Ein- oder Ausreiseverbote, Einfuhrbeschränkungen materieller Güter). Doch nicht nur Kleinwachau profitiert von der Zusammenarbeit. Die Impulse, die nach Kork mitgenommen werden tragen dort zu Korrekturen überzogener Konzepte in der Behindertenhilfe bei.
Aus der Partnerschaft zwischen Kork und Kleinwachau und einer ähnlichen Partnerschaft zwischen Bethel und Lobetal entwickelt sich nach der politischen Wende schließlich die Arbeitsgemeinschaft diakonischer Epilepsiezentren in Deutschland.
